Dans certains cas, la mise en place de structures intercommunales à fiscalité propre a pu se traduire par une augmentation de la fiscalité globale. Le plus souvent cela résulte du développement de nouveaux services ou de nouvelles politiques d'aménagement et de développement économique ou de l'amélioration des services existants. Toutefois à service égal, la plupart du temps, les communes ont " joué le jeu " en diminuant leurs taux à due concurrence des taux de la structure intercommunale.
Les cas de mise en œuvre de la taxe professionnelle unique peuvent se traduire, de manière mécanique très accentuée, par des augmentations du taux de la taxe professionnelle appliqué sur le territoire de certaines communes. Il s'agit là d'un mécanisme maîtrisé, qui n'est pas imputable à une " dérive de gestion " de la part de telle ou telle commune mais au choix mûrement raisonné d'un nouveau mode d'organisation administrative et fiscale destiné à rendre plus cohérent, sur le territoire de l'agglomération, le développement économique et l'aménagement du territoire. L'unification progressive du taux de la taxe professionnelle apparaît ainsi comme un outil majeur à la fois d'équité fiscale sur l'agglomération (dans la mesure où chacun des contribuables bénéficie des mêmes services) et de lutte contre le gaspillage des ressources foncières qui se traduit par la création anarchique de zones d'activité parfois non viables.
Les communes dans lesquelles le taux de la taxe professionnelle augmentera pour rejoindre progressivement, sur une durée pouvant être portée à 12 années au maximum, le taux moyen pondéré de l'ensemble de l'agglomération, sont aussi celles dans lesquelles le taux était jusqu'à présent peu élevé : les contribuables - et notamment les commerçants, artisans et professions libérales - ont donc bénéficié, des années durant, de cet avantage par rapport à leurs voisins installés dans des communes où le taux était plus élevé. Il n'est donc pas injuste qu'à l'échelle de l'agglomération (ou du groupement) cet avantage soit réduit : cela participe de la solidarité territoriale.
Au demeurant, les entreprises qui voient leur taux de taxe professionnelle augmenter ne seront pas pour autant soumises à une hausse équivalente de leur cotisation. Les multiples éléments viennent en effet corriger le simple résultat de la multiplication de la base par le taux (par exemple, le plafonnement de la cotisation en fonction de la valeur ajoutée). Il n'est donc pas possible de se prononcer de manière générale sur l'évolution réelle de l'impôt payé par les contribuables installés dans les communes sur le territoire desquelles la mise en place du régime fiscal de la TPU entraîne une augmentation du taux.